石河子大学食品学院前身系1985年创建的石河子农学院食品科学系。1996年合并成立石河子大学后，食品科学系归属石河子大学工学院。2001年3月，石河子大学工学院食品科学系正式更名为食品学院。

学院现有食品科学与工程、食品质量与安全、葡萄与葡萄酒工程3个本科专业。2003年学院获批“食品科学与工程”二级学科硕士学位授权点；2011年新增“农业工程”一级学科博士学位授权点--农产品加工工程方向；2017年获批“食品科学与工程”一级学科硕士学位授权点与“生物与医药”专业硕士学位授权点；2022年“食品科学与工程”获批国家一流专业，“食品质量与安全”获批兵团一流专业。

学院现有教职工76人，其中专任教师62人（教授22人，副教授31人），具有博士学位者49人。学院现有兵团重点领域创新团队3个，享受国务院政府特殊津贴专家1人、国家级人才项目1人、自治区“天池英才”特聘教授1人、“绿洲学者”特聘教授2人、自治区农业产业技术体系专家1人、“天池英才”青年博士11人、“兵团英才”5人、“兵团中青年领军人才”4人、自治区教学能手1人、宝钢优秀教师奖4人。

学院紧密围绕新疆大宗和特色农产品资源，针对林果加工保鲜技术、特色动物性食品加工、农产品功能性组分化学与食品营养、民族特色益生菌与发酵，凝练形成四个特色鲜明的学科研究方向，建有8个研究中心。近5年承担纵向科研项目203项，总经费5270万元；发表高水平论文391篇，授权发明专利37件；获省部级科技奖5项。

学院现有在校本科生968人，研究生253人（博士研究生13人）。学院不断健全完善导师制培养模式，在全国、新疆及兵团“互联网+”大学生创新创业大赛、“挑战杯”课外科技作品竞赛、大学生食品工程虚拟仿真大赛中屡获佳绩。

学院教学科研实验场地面积11,000余平方米，现有公共、基础、专业及技能实训实验室57个，冷库9个，仪器设备1775台（套），资产总值6300万元。学院现有新疆特色果蔬贮藏加工教育部工程研究中心、农业农村部特色农产品加工与质量安全控制重点实验室（部省合建）、兵团食品营养与安全控制重点实验室等7个省部级科研平台。

学院与江南大学、西北农林科技大学、中国农业大学等高校在学科共建、科学研究、人才培养等各领域密切合作。与张裕酒庄、麦趣尔集团、花园乳业、叶河源等30余家企业密切合作，建立了稳定的校外教学实习实训基地。

学院以创建“西北一流食品学科”为目标，聚焦解决新疆和兵团相关产业共性问题，以带动兵团农产品提质增效和区域经济发展为出发点，建设疆内一流创新平台，为新疆及兵团人才培养、科学研究、社会服务和文化传承发挥更大作用。